इनके पिता का नाम संभाजी नवलू शिंदे हैं। माता का नाम गंगूबाई शिंदे हैं । इनकी शादी लता शिंदे से हुई है जो एक जानी-मानी बिजनेस वूमेन हैं।
इन की तीन संताने हैं। उनके नाम दीपेश शिंदे, सुभद्रा शिंदे और श्रीकांत शिंदे हैं इनकी एक बेटी भी थी जिनका नाम सुभद्रा शिंदे था। लेकिन इनका 2002 में देहांत हो गया था।
इसके बाद उन्होंने महाराष्ट्र में स्थित यशवंतराव चव्हाण, महाराष्ट्र ओपन युनिवर्सिटी के द्वारा मराठी और राजनीति के विषय में उन्होंने स्नातक की डिग्री प्राप्त की है।
उनके घर की आर्थिक स्थिति इतनीअच्छी नहीं थी, कि वह पढ़ाई आगे सुचारू रूप से संचालित कर सके। इसलिए वह अपने घरवालों की मदद करने के लिए ऑटो रिक्शा चलाने लगे।
एकनाथ शिंदे ऑटो रिक्शा चलाने का काम करते थे, 1980 में शिवसेना के मशहूर नेता आनंद दिघे के संपर्क में आए और छोटे से कार्यकर्ता के रूप में शिवसेना में सम्मिलित हुए.
इसके बाद उन्हें किसान नगर निगम का प्रमुख बना दिया गया। इसके अलावा एकनाथ शिंदे शिवसेना के प्रमुख बाल ठाकरे से भी बहुत ज्यादा प्रभावित थे ऐसा कहा जाता है कि राजनीति के दांव पेच उन्होंने बाल ठाकरे से सीखा था।